Trong giai đoạn đầu, Ban Quản lý các khu công nghiệp tỉnh Hưng Yên thực hiện một số nhiệm vụ về quản lý nhà nước trong KCN theo văn bản uỷ quyền của các Bộ, ngành và Uỷ ban nhân dân tỉnh Hưng Yên, gồm: Tiếp nhận, thẩm định hồ sơ dự án; cấp, điều chỉnh, thu hồi Giấy phép đầu tư và quản lý hoạt động các dự án đầu tư nước ngoài trong các KCN; quản lý hoạt động XNK và hoạt động thương mại của các doanh nghiệp KCN và thực hiện chấp thuận đầu tư đối với các dự án có vốn đầu tư trong nước vào các KCN trên địa bàn tỉnh. Và được giao trực tiếp quản lý Khu công nghiệp Phố Nối A, quy mô diện tích 390 ha, và Khu công nghiệp Dệt May - Phố Nối, với quy mô diên tích 95 ha. Trong các KCN trên đã có 30 dự án đầu tư, trong đó 24 dự án có vốn đầu tư trong nước và 6 dự án có vốn đầu tư nước ngoài.
Cơ cấu tổ chức bộ máy của Ban Quản lý các khu công nghiệp tỉnh Hưng Yên giai đoạn này gồm: Trưởng ban, Phó trưởng ban và 03 phòng chức năng là: Phòng Tổ chức-Hành chính; Phòng Quản lý Đầu tư, Quy hoạch và Môi trường; Phòng Quản lý Doanh nghiệp, Xuất- Nhập khẩu và Lao động, với tổng biên chế được giao năm 2004 là 15 người. Trưởng ban do đồng chí Phó chủ tịch UBND tỉnh kiêm nhiệm, và 01 Phó trưởng ban thường trực. Đến năm 2005, đồng chí Phó chủ tịch UBND tỉnh thôi không kiêm Trưởng Ban Quản lý các khu công nghiệp tỉnh, và UBND tỉnh đã bổ nhiệm đồng chí Phó Trưởng ban thường trực giữ chức Trưởng ban Ban Quản lý các khu công nghiệp tỉnh.
Sau khi Ban Quản lý các khu công nghiệp tỉnh được thành lập và đi vào hoạt động, các tổ chức chính trị, đoàn thể chính trị - xã hội cũng sớm được thành lập và đi vào hoạt động, cụ thể:
- Ngày 17/3/2005, Ban Thường vụ Đảng bộ Khối cơ quan Dân chính Đảng tỉnh quyết định thành lập Chi bộ Ban Quản lý các khu công nghiệp tỉnh Hưng Yên, với 03 đảng viên.
- Ngày 01/7/2004, Ban Thường vụ Công đoàn Viên chức tỉnh đã quyết định thành lập Công đoàn Ban Quản lý các khu công nghiệp tỉnh, gồm 08 đoàn viên.
- Ngày 10/5/2005, Ban Thường vụ Đoàn khối cơ quan Dân chính Đảng quyết định thành lập Chi đoàn TNCSHCM Ban Quản lý các khu công nghiệp tỉnh gồm 09 đoàn viên.
Ngày 14/3/2008, Chính phủ ban hành Nghị định số 29/2008/NĐ-CP quy định về khu công nghiệp, khu chế xuất, khu kinh tế. Trên cơ sở đó Ban Quản lý các khu công nghiệp tỉnh đã xây dựng Đề án Kiện toàn chức năng nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức bộ máy của Ban, trình Ủy ban nhân dân tỉnh ban hành Quyết định số 1307/QĐ-UBND ngày 15/7/2009 quy định chức năng, nhiệm vụ quyền hạn và tổ chức bộ máy của Ban Quản lý các khu công nghiệp tỉnh Hưng Yên. Theo đó, Ban Quản lý các khu công nghiệp tỉnh được bổ sung thêm một số nhiệm vụ cụ thể quản lý về quy hoạch xây dựng, bảo vệ môi trường và lao động trong các khu công nghiệp. Chức năng nhiệm vụ là: Tổ chức thực hiện đăng ký, thẩm tra và cấp, điều chỉnh, thu hồi Giấy chứng nhận đầu tư trong KCN; quản lý nhà nước về lĩnh vực quy hoạch, xây dựng; lĩnh vực bảo vệ môi trường trong KCN; cấp Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hoá cho các tổ chức, cá nhân; cấp, cấp lại, sửa đổi, bổ sung và gia hạn Giấy phép thành lập văn phòng đại diện thương mại của tổ chức và thương nhân nước ngoài đặt trụ sở tại KCN; thực hiện quản lý nhà nước về lao động trong KCN; cấp các loại giấy chứng nhận xuất xứ hàng hoá sản xuất trong KCN; kiểm tra, giám sát việc thực hiện đầu tư trong KCN; phối hợp thanh tra, kiểm tra các cơ quan liên quan; Điều chỉnh Quy hoạch chi tiết xây dựng đã được phê duyệt của khu Công nghiệp; cấp, cấp lại, gia hạn Giấy phép xây dựng công trình xây trong KCN.... Tổ chức bộ máy của Ban gồm: Trưởng ban, Phó Trưởng ban, Văn phòng ban và 04 phòng chuyên môn là: Phòng Quản lý Đầu tư; Phòng Quản lý Quy hoạch - Môi trường; Phòng Quản lý Doanh nghiệp; Phòng Quản lý Lao động. Tổng số biên chế được giao năm 2009 là 18 công chức và 02 hợp đồng theo Nghị định 68/2000/NĐ-CP.
Năm 2009, trên địa bàn tỉnh đã quy hoạch và phát triển 19 KCN tập trung với quy mô 6.550 ha, trong đó 13 khu công nghiệp đã được Thủ tướng Chính phủ quyết định đưa vào danh mục quy hoạch phát triển các khu công nghiệp ở Việt Nam, với quy mô 3.535 ha; 04 KCN đã đi vào hoạt động thu hút được 144 dự án đầu tư, trong đó có 63 dự án có vốn đầu tư nước ngoài và 81 dự án đầu tư trong nước. Năm 2011, KCN Thăng Long II được Chính phủ chấp thuận mở rộng thêm 125,6 ha. Hiện nay tổng quy mô diện tích của 13 KCN đã được Thủ tướng Chính phủ quyết định đưa vào danh mục quy hoạch phát triển các khu công nghiệp ở Việt Nam lên 3.660 ha. Tại 04 KCN đã đi vào hoạt động (KCN Phố Nối A, KCN Dệt May Phố Nối, và KCN Thăng long II, KCN Minh Đức) có 202 dự án đầu tư còn hiệu lực, gồm 108 dự án có vốn đầu tư nước ngoài và 94 dự án đầu tư trong nước.
Năm 2010, Ủy ban nhân dân tỉnh Hưng Yên đã ban hành Quyết định số 807/QĐ-UBND ngày 14/4/2010 về việc thành lập Trung tâm Dịch vụ và Hỗ trợ đầu tư khu công nghiệp; là đơn vị sự nghiệp có thu, trực thuộc Ban quản lý các khu công nghiệp tỉnh.
Ngày 12/11/2013, Chính phủ ban hành Nghị định số 164/2013/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 29/2008/NĐ-CP ngày 14/3/2008 của Chính phủ, quy định về khu công nghiệp, khu chế xuất và khu kinh tế, theo đó, nhiệm vụ quyền hạn của Ban Quản lý các khu công nghiệp được điều chỉnh, bổ sung nhằm tăng cường công tác quản lý nhà nước đối với các khu công nghiệp theo hướng một cửa, tại chỗ, nâng cao hiệu lực, hiệu quả quản lý nhà nước. Ngày 03/9/2015, liên Bộ Kế hoạch và Đầu tư - Bộ Nội vụ đã ban hành Thông tư liên tịch số 06/2015/TTLT-BKHĐT-BNV, hướng dẫn chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Ban Quản lý khu công nghiệp, khu chế xuất, khu kinh tế, khu kinh tế cửa khẩu, nhằm thống nhất về cơ cấu tổ chức, chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của các Ban Quản lý khu công nghiệp, khu chế xuất, khu kinh tế, khu kinh tế cửa khẩu, trên phạm vi toàn quốc. Trên cơ sở đó Ban Quản lý các khu công nghiệp tỉnh đã rà soát, xây dựng Đề án Điều chỉnh chức năng nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức bộ máy của Ban, trình Ủy ban nhân dân tỉnh ban hành Quyết định số 2386/QĐ-UBND ngày 30/11/2015 quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và tổ chức của Ban Quản lý các khu công nghiệp tỉnh Hưng Yên. Giai đoạn này, Ban có các nhiệm vụ chính: tổ chức thực hiện đăng ký, thẩm tra và cấp, điều chỉnh, thu hồi Giấy chứng nhận đầu tư trong KCN; quản lý nhà nước về lĩnh vực quy hoạch, xây dựng; lĩnh vực bảo vệ môi trường trong KCN; cấp Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hoá cho các tổ chức, cá nhân; cấp, cấp lại, sửa đổi, bổ sung và gia hạn Giấy phép thành lập văn phòng đại diện thương mại của tổ chức và thương nhân nước ngoài đặt trụ sở tại KCN; thực hiện quản lý nhà nước về lao động trong KCN; cấp các loại giấy chứng nhận xuất xứ hàng hoá sản xuất trong KCN; kiểm tra, giám sát việc thực hiện đầu tư trong KCN; phối hợp thanh tra, kiểm tra các cơ quan liên quan; Điều chỉnh quy hoạch chi tiết xây dựng đã được phê duyệt của KCN; cấp, cấp lại, gia hạn Giấy phép xây dựng công trình xây dựng trong KCN.... Tổ chức bộ máy của Ban Quản lý các khu công nghiệp tỉnh gồm: Lãnh đạo Ban, Văn phòng Ban, Phòng Quản lý Đầu tư; Phòng Quản lý Quy hoạch và Xây dựng, Phòng Quản lý Tài nguyên và Môi trường; Phòng Quản lý Doanh nghiệp, và Trung tâm Dịch vụ và Hỗ trợ đầu tư khu công nghiệp.
Đầu năm 2016, UBND tỉnh Hưng Yên đã báo cáo, kiến nghị điều chỉnh danh mục, diện tích các KCN đến năm 2020 trên địa bàn tỉnh Hưng Yên, và ngày 17/6/2016, Thủ tướng Chính phủ đã có Văn bản số 1038/TTg-KTN về rà soát điều chỉnh quy hoạch phát triển các KCN trên địa bàn tỉnh Hưng Yên, theo đó quy hoạch phát triển các KCN tỉnh Hưng Yên đến năm 2020 là 11 KCN, với tổng diện tích là 2.481,45 ha, gồm: KCN Phố Nối A (596,44ha), KCN Dệt may Phố Nối (121,81ha), Thăng Long II (345,20ha) và Minh Đức (198ha), KCN Minh Quang (150 ha), KCN Vĩnh Khúc (180ha), KCN Ngọc Long (100 ha), KCN Yên Mỹ II (190 ha), KCN sạch Kim Động (100 ha), KCN Tân Dân (200 ha), KCN Lý Thường Kiệt (300 ha). Trong đó có 09 KCN đã được cấp giấy chứng nhận đầu tư, 04 KCN đang hoạt động. Các KCN đang hoạt động gồm: KCN Phố Nối A, KCN Dệt may Phố Nối, KCN Thăng Long II và KCN Minh Đức, có 302 dự án đầu tư còn hiệu lực, gồm 136 dự án có vốn đầu tư trong nước và 166 dự án có vốn đầu tư nước ngoài với tổng vốn đầu tư đăng ký là 15.668 tỷ đồng và 2,8 tỷ USD.
Đến tháng 10/2016, tổng biên chế có mặt tại Ban Quản lý các KCN tỉnh là 24 biên chế hành chính, 02 hợp đồng theo Nghị định 68/2000/NĐ-CP, và Tại Trung tâm Dịch vụ và Hỗ trợ đầu tư khu công nghiệp tỉnh có 7 viên chức, 7 hợp đồng lao động. Chi bộ Ban Quản lý các khu công nghiệp tỉnh đã có 25 đảng viên. Công đoàn cơ sở Ban Quản lý các khu công nghiệp tỉnh đã có 45 đoàn viên. Chi đoàn thanh niên có 27 đoàn viên (Bao gồm cả các đoàn viên đang công tác tại Công đoàn các khu công nghiệp tỉnh và Trung tâm Dịch vụ và Hỗ trợ đầu tư khu công nghiệp).
* Các thành tích tập thể Ban Quản lý các khu công nghiệp tỉnh Hưng Yên đã đạt được trong những năm qua:
Năm 2013 được Chủ tịch nước tặng Huân chương Lao động Hạng ba;
Năm 2014 được Thủ tướng Chính phủ tặng Cờ;
Năm 2008, 2012 được Bộ Kế hoạch và Đầu tư tặng Cờ thi đua;
Năm 2005, 2006, 2007, 2009, 2010, 2011 được Bộ Kế hoạch và Đầu tư tặng Bằng khen;
Năm 2010 được UBND tỉnh Hưng Yên tặng Bằng khen.
Lãnh đạo Ban qua các thời kỳ
Đồng chí Đoàn Trọng Đĩnh
Phó Chủ tịch UBND tỉnh kiêm Trưởng Ban
Giai đoạn: 2003- 2005
Đồng chí Vũ Văn Minh
Trưởng Ban
Giai đoạn: 2005 - 2009
Ban Quản lý các khu công nghiệp tỉnh