Trong năm 2016, các cơ quan chức năng đã tiến hành 09 cuộc thanh tra, kiểm tra việc chấp hành pháp luật về bảo vệ môi trường và tài nguyên nước đối với 28 doanh nghiệp trong các KCN trên địa bàn tỉnh Hưng Yên. Về cơ bản các doanh nghiệp đã chấp hành tương đối tốt công tác bảo vệ môi trường và tài nguyên nước theo quy định của pháp luật và theo các nội dung đã cam kết. Bên cạnh đó, có 05 doanh nghiệp chưa thực hiện nghiêm, còn có hành vi vi phạm và đã bị các cơ quan chức năng ra quyết định xử phạt vi phạm hành chính với tổng mức phạt là: 1.263.600.000 đồng, cụ thể:
- Có 02 Doanh nghiệp bị xử phạt do xả nước thải vượt quy chuẩn ra môi trường là Chi nhánh Tập đoàn Dệt may Việt Nam - Trung tâm xử lý nước thải KCN Dệt may Phố Nối với mức xử phạt là 555.500.000 đồng (xả nước thải vượt quy chuẩn kỹ thuật về chất thải dưới 02 lần trong trường hợp thải lượng nước thải tại thời điểm kiểm tra trung bình từ 2.500 m3/ngày đêm đến dưới 3.000 m3/ngày đêm) và Công ty Quản lý khai thác KCN Phố Nối A với mức xử phạt 313.100.000 đồng (xả nước thải vượt quy chuẩn kỹ thuật về chất thải từ 2 lần đến dưới 5 lần trong trường hợp thải lượng nước thải từ 400 m3/ngày đêm đến dưới 600 m3/ngày đêm).
- Có 03 doanh nghiệp bị xử phạt do thực hiện không đúng, không đầy đủ các nội dung cam kết cụ thể: Công ty CP PTHT Dệt may Phố Nối với mức xử phạt 220.000.000 đồng (không thực hiện chương trình giám sát, quan trắc môi trường theo quy đinh, Không thu gom triệt để chất thải nguy hại vào khu lưu giữ tạm thời theo quy định), Công ty TNHH thép Nhật Quang với mức xử phạt 110.000.000 đồng (thực hiện không đúng, không đầy đủ chương trình quan trắc, giám sát môi trường theo quy định), Công ty TNHH Shinjo Việt Nam với mức xử phạt 65.000.000 đồng (không lập báo cáo quản lý chất thải nguy hại định kỳ theo quy định, Không lưu giữ chứng từ quản lý chất thải nguy hại đã sử dụng theo quy định, Chuyển giao, cho chất thải nguy hại dưới 600kg cho cá nhân không có Giấy phép quản lý chất thải nguy hại).
Trong tháng 6 năm 2017, Ban Quản lý các KCN đã chủ trì tổ chức kiểm tra, giám sát đối với 05 dự án của 05 doanh nghiệp trong các KCN về việc chấp hành các quy định về BVMT. Nhìn chung, các doanh nghiệp được kiểm tra, giám sát đã cơ bản thực hiện các biện pháp bảo vệ môi trường trong quá trình hoạt động của các dự án như các nội dung đã cam kết. Trong đó có Công ty TNHH Linea Aqua Việt Nam là chủ đầu tư Dự án đầu tư thành lập nhà máy sản xuất đồ bơi tại KCN Phố Nối Dệt may Phố Nối đã thực hiện tốt và đầy đủ các biện pháp BVMT đã cam kết, tổ chức tốt việc quản lý, thu gom, xử lý bụi, nước thải, chất thải thông thường, chất thải nguy hại phát sinh trong quá trình hoạt động và thực hiện quan trắc, phân tích môi trường định kỳ đầy đủ theo đúng quy định. Tuy nhiên các doanh nghiệp còn lại vẫn có một số hành vi vi phạm, cụ thể: không thực hiện đúng, đầy đủ các quy định về thu gom, quản lý, xử lý chất thải thông thường, chất thải nguy hại. Đoàn kiểm tra đã yêu cầu, hướng dẫn các Doanh nghiệp thực hiện khắc phục các tồn tại đảm bảo đúng quy định hiện hành về bảo vệ môi trường.